Trong quá trình ủ phân, có hai loại vi sinh vật tham gia. Nhóm vi sinh vật đầu tiên phát triển ở nhiệt độ từ 20 đến 35ºC được gọi là vi khuẩn ưa ấm. bệnh ưa nhiệt thực hiện quá trình phân hủy ban đầu và thực hiện quá trình xử lý phân trộn trong giai đoạn cuối của quá trình.
Các vi khuẩn ưa nhiệt phát triển và sinh sản nhanh chóng, sản sinh nhiệt trong giai đoạn đầu, trong khi ở giai đoạn cuối của quá trình ủ phân, chúng giúp làm chín vật liệu hữu cơ đã phân hủy.
Giữa giai đoạn ủ phân đầu tiên và cuối cùng, nhiệt độ lõi của hỗn hợp ủ phân tăng lên, được gọi là giai đoạn ưa nhiệt, khi đó nhiệt độ có thể tăng lên tới 55 đến 70ºC.
Nguyên nhân là do quá trình sản sinh nhiệt nhanh trong giai đoạn đầu của quá trình ủ phân. Các vi khuẩn ưa nhiệt có thể phát triển ở nhiệt độ cao như vậy và giúp phân hủy các chất hữu cơ phức tạp.
Nhiệt độ cao giúp tiêu diệt mầm bệnh và cỏ dại. Có một hệ sinh thái vi khuẩn là chìa khóa để đảm bảo quá trình ủ phân là một quá trình quản lý chất thải rắn hiệu quả.