Kompostlama sürecinde iki sınıf mikroorganizma katkıda bulunur. 20 ila 35ºC arasında büyüyen ilk mikroorganizma grubuna mezofiller denir. mezofiller İşlemin ilk aşamasında kompostun ilk bozunmasını gerçekleştirir ve son aşamada kompostun kürlenmesini gerçekleştirir.
Mezofilik mikroplar hızla büyür ve çoğalır, ilk aşamada ısı üretirler, kompostlaşmanın son aşamasında ise parçalanmış organik materyalin olgunlaşmasına yardımcı olurlar.
Başlangıç ve son kompostlama fazı arasında kompost karışımının çekirdek sıcaklığında, termofilik faz olarak bilinen, 55-70ºC'ye kadar çıkabilen bir artış meydana gelir.
Bu, kompostlamanın ilk aşamasında hızlı ısı üretimi nedeniyle oluşur. Termofiller bu kadar yüksek sıcaklıklarda büyüyebilir ve karmaşık organik materyalin parçalanmasına yardımcı olabilir.
Yüksek sıcaklık patojenlerin ve yabani otların öldürülmesine yardımcı olur. Mikrobiyal bir ekosisteme sahip olmak kompostlamanın etkili bir katı atık yönetim süreci olmasını sağlamanın anahtarıdır.