I komposteringsprocessen bidrar två klasser av mikroorganismer. Den första uppsättningen mikroorganismer som växer mellan 20 och 35ºC kallas mesofiler. Mesofiler utföra den initiala nedbrytningen och utföra härdning av komposten i processens slutfas.
De mesofila mikroberna växer och förökar sig snabbt och producerar värme under den inledande fasen, medan de under den sista fasen av komposteringen hjälper till med mognaden av nedbrutet organiskt material.
Mellan den inledande och slutliga komposteringsfasen sker en ökning av komposteringsblandningens kärntemperatur, känd som en termofil fas, där temperaturen kan stiga upp till 55 till 70ºC.
Detta orsakas av snabb värmeproduktion i den inledande fasen av komposteringen. Termofiler kan växa vid sådana höga temperaturer och hjälpa till att bryta ner komplext organiskt material.
Den höga temperaturen hjälper till att döda patogener och ogräs. Att ha ett mikrobiellt ekosystem är nyckeln till att säkerställa att kompostering är en effektiv process för hantering av fast avfall.