W procesie kompostowania biorą udział dwie klasy mikroorganizmów. Pierwszy zestaw mikroorganizmów, który rośnie w temperaturze od 20 do 35ºC, nazywany jest mezofilami. Mezofile przeprowadzić wstępną degradację i utwardzanie kompostu w końcowej fazie procesu.
Mikroorganizmy mezofilne szybko rosną i rozmnażają się, wytwarzając ciepło w początkowej fazie kompostowania, natomiast w końcowej fazie kompostowania pomagają w dojrzewaniu zdegradowanego materiału organicznego.
Między początkową i końcową fazą kompostowania następuje wzrost temperatury rdzenia mieszanki kompostowej, tzw. faza termofilowa, w której temperatura może wzrosnąć do 55–70ºC.
Jest to spowodowane szybką produkcją ciepła w początkowej fazie kompostowania. Termofile mogą rosnąć w tak wysokich temperaturach i pomagać w rozkładzie złożonego materiału organicznego.
Wysoka temperatura pomaga w zabijaniu patogenów i chwastów. Posiadanie ekosystemu mikrobiologicznego jest kluczowe dla zapewnienia, że kompostowanie jest wydajnym procesem gospodarowania odpadami stałymi.