खाद बनाने की प्रक्रिया में सूक्ष्मजीवों के दो वर्ग योगदान करते हैं। सूक्ष्मजीवों का पहला समूह जो 20 से 35 डिग्री सेल्सियस के बीच बढ़ता है उसे मेसोफाइल्स कहा जाता है। मेसोफाइल प्रक्रिया के अंतिम चरण में प्रारंभिक विघटन और खाद का उपचार किया जाता है।
मेसोफिलिक सूक्ष्मजीव तेजी से बढ़ते और प्रजनन करते हैं, प्रारंभिक चरण के दौरान गर्मी पैदा करते हैं, जबकि खाद बनाने के अंतिम चरण के दौरान, वे विघटित कार्बनिक पदार्थों की परिपक्वता में मदद करते हैं।
प्रारंभिक और अंतिम खाद चरण के बीच, खाद मिश्रण के मुख्य तापमान में वृद्धि होती है, जिसे थर्मोफिलिक चरण के रूप में जाना जाता है, जहां तापमान 55 से 70ºC तक बढ़ सकता है।
ऐसा खाद बनाने के शुरुआती चरण में तेज़ गर्मी उत्पादन के कारण होता है। थर्मोफाइल्स ऐसे उच्च तापमान पर बढ़ सकते हैं और जटिल कार्बनिक पदार्थों को तोड़ने में मदद कर सकते हैं।
उच्च तापमान रोगाणुओं और खरपतवारों को मारने में मदद करता है। खाद बनाना एक कुशल ठोस अपशिष्ट प्रबंधन प्रक्रिया है, यह सुनिश्चित करने के लिए सूक्ष्मजीवी पारिस्थितिकी तंत्र का होना महत्वपूर्ण है।