ખાતર બનાવવાની પ્રક્રિયામાં, બે વર્ગના સુક્ષ્મસજીવો ફાળો આપે છે. 20 થી 35ºC વચ્ચે ઉગતા સુક્ષ્મસજીવોના પ્રથમ સમૂહને મેસોફાઇલ્સ કહેવામાં આવે છે. મેસોફિલ્સ પ્રક્રિયાના અંતિમ તબક્કામાં ખાતરનો પ્રારંભિક ડિગ્રેડેશન અને ક્યોરિંગ કરો.
મેસોફિલિક સૂક્ષ્મજીવાણુઓ ઝડપથી વૃદ્ધિ પામે છે અને પ્રજનન કરે છે, પ્રારંભિક તબક્કા દરમિયાન ગરમી ઉત્પન્ન કરે છે, જ્યારે ખાતર બનાવવાના અંતિમ તબક્કા દરમિયાન, તેઓ ક્ષીણ કાર્બનિક પદાર્થોના પરિપક્વતામાં મદદ કરે છે.
ખાતર બનાવવાના પ્રારંભિક અને અંતિમ તબક્કા વચ્ચે, ખાતર મિશ્રણના મુખ્ય તાપમાનમાં વધારો થાય છે, જેને થર્મોફિલિક તબક્કા તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, જ્યાં તાપમાન 55 થી 70ºC સુધી વધી શકે છે.
ખાતર બનાવવાના પ્રારંભિક તબક્કામાં ઝડપી ગરમીના ઉત્પાદનને કારણે આ થાય છે. થર્મોફાઇલ્સ આવા ઊંચા તાપમાને વિકાસ પામી શકે છે અને જટિલ કાર્બનિક પદાર્થોને તોડવામાં મદદ કરે છે.
ઉચ્ચ તાપમાન રોગકારક જીવાણુઓ અને નીંદણના નાશમાં મદદ કરે છે. ખાતર બનાવવા માટે કાર્યક્ષમ ઘન કચરા વ્યવસ્થાપન પ્રક્રિયા સુનિશ્ચિત કરવા માટે માઇક્રોબાયલ ઇકોસિસ્ટમ હોવું મહત્વપૂર્ણ છે.